Handlung
Diese Handlung der Serie setzt im April 2002 ein. Die Digiwelt wird
durch den Digimon-Kaiser bedroht, der versucht, alle Digimon mit Hilfe
von schwarzen Türmen und Ringen zu unterwerfen. Der Kaiser behandelt
die ihm Untergebenen grausam und begreift die Digimon nicht als lebende
Wesen. Deshalb wird eine neue Gruppe von Digirittern, bestehend aus
Daisuke Motomiya, Miyako Inoue und Iori Hida ausgewählt, die gemeinsam
mit Takeru Takaishi und Hikari Yagami aus der vorherigen
Digiritter-Generation gegen ihn kämpft. Die restlichen ehemaligen
Digiritter halten sich weitgehend im Hintergrund, haben aber zahlreiche
Gastauftritte.
Nachdem die Digiritter den Kaiser mehrmals aus bereits eroberten
Gebieten vertreiben konnten, erschafft dieser das künstliche, aus
verschiedenen Digimon zusammengesetzte Chimeramon. Dieses ist
den Kindern zwar deutlich überlegen, der Digimonkaiser selbst kann es
aber auch nicht mehr vollständig kontrollieren. Schließlich schaffen es
die Digiritter mit Hilfe eines goldenen Digi-Armor-Eies aber dennoch,
Chimeramon und damit den Kaiser zu besiegen. Dabei wird aber auch
dessen eigentliches Digimon getötet und er wird sich seiner Taten
bewusst. Er reist zur Stadt des ewigen Anfangs und findet dort die
Wiedergeburt seines Digimons. Er will Wiedergutmachung für seine Taten
leisten und schließt sich nach einiger Zeit den Digirittern an.
Bald jedoch tauchen neue Gegner auf, Arukenimon und Mummymon.
Diese nutzen die schwarzen Türme des Digimon-Kaisers, um Digimonklone
zu erschaffen, die sie kontrollieren können. Jedoch erschaffen sie
dabei auch BlackWarGreymon, das einen eigenen Willen besitzt. BlackWarGreymon hofft, den Sinn seiner Existenz zu finden, wenn es die Heiligen Steine
zerstört, die das Gleichgewicht der Welten bewahren. Kurz bevor es die
Digiwelt und die reale Welt ins Verderben stürzt, taucht das heilige
Tier Azulongmon auf und erklärt BlackWarGreymon, dass es den Sinn
seines Lebens nur finden könne, wenn es in sich gehe. BlackWarGreymon
zieht sich daraufhin zurück um über Azulongmons Worte nachzudenken.
An Weihnachten 2002 tauchen in der realen Welt auf einmal überall
Digimon und schwarze Türme auf, die von Arukenimon und Mummymon
geschaffen wurden. Die japanischen Digiritter schließen sich mit den
restlichen auf der ganzen Welt zusammen, zerstören die Türme und senden
die Digimon zurück in die Digiwelt. Kurz darauf taucht Deemon mit seinen Untertanen LadyDevimon, SkullSatamon und MarineDevimon
auf, die den Samen der Finsternis in Kens Hals besitzen wollen. Der
Kampf gegen sie stellt dabei eine besonders hohe psychische Belastung
für die neuen Digiritter dar, da auch sie nun erstmals echte Digimon
töten müssen. Deemon wird schließlich in die Welt der Dunkelheit
verbannt.
Es stellt sich heraus, dass Arukenimon und Mummymon von einem
Menschen namens Yukio Oikawa geschaffen wurden, der auch Ken so
manipuliert hatte, dass dieser zum Digimon-Kaiser wurde. Dieser
entführt Ken und überträgt den Samen der Finsternis in ihm auf mehrere
andere Kinder. Auf einmal kehrt BlackWarGreymon zurück und versucht,
ihn aufzuhalten. Es scheitert und wird tödlich verletzt. Mit letzter
Kraft versiegelt es jedoch den Zugang zur Digiwelt in Tokio. Oikawa
landet daher beim Versuch, mit den Kindern, die den Samen der
Finsternis tragen, in die Digiwelt zu gelangen zusammen mit diesen und
den Digirittern in einer unbekannten Parallelwelt.
Es wird enthüllt, dass er eigentlich die ganze Zeit nur verzweifelt
versucht hatte, die Digiwelt zu besuchen und dabei vom Geist Myotismons
benutzt wurde, das bereits von den Digirittern der vorherigen
Generation besiegt wurde. Dieses wird durch die Kraft der Samen der
Finsternis in den von Oikawa benutzten Kindern als MaloMyotismon
wiedergeboren. Erst als alle Digiritter weltweit die Kraft ihrer Träume
und Hoffnungen bündeln, gelingt es ihnen, MaloMyotismon zu besiegen.
Der sterbende Oikawa sieht die echte Digiwelt und trifft auf den
ursprünglich für ihn bestimmten Digimonpartner. Er erkennt, dass er
sich durch die andauernde Trauer und den Zorn über den Tod seines
einzigen Kindheits-Freundes, Ioris Vater Hiroki Hida, selbst
jede Chance auf die Erfüllung seiner Träume verbaut hat. Schließlich
opfert er sich um mit seiner verbleibenden Kraft die durch die Kämpfe
zerstörte Digiwelt wiederherzustellen.
Im Epilog wird klar, dass der Erzähler der ersten beiden Serien der
erwachsene Takeru ist, der im Jahr 2027 als Schriftsteller ein Buch
über seine Kindheit schreibt. In der Zukunft leben Menschen und Digimon
miteinander friedlich zusammen. Alle Digiritter haben sich ihre Träume
erfüllt und sind in ihren Berufen äußerst erfolgreich. In der letzten
Szene sieht man alle ehemaligen Digiritter und ihre Kinder, welche nun
wiederum zu neuen Abenteuern aufbrechen.